Japonya hükümeti ülkedeki azınlık halk Ainuları resmi olarak tanıdığını açıkladı. Ainular Japon adalarının tarihte bilinen ilk sahipleri olarak kabul ediliyor. 19'uncu yüzyılın başına kadar Japonya genelinde yaşayan halk, "baskı ve sindirme politikasından dolayı" ülkenin kuzeyine göç etmişti.
Japon Takımadalarının yerlisi olan Jōmonlarla etkileşime geçen Yayoiler, yerli halkı öldürerek ve/veya yerli halkla karışarak günümüzdeki Japon halkını oluşturmuştur. Günümüzde Japonya nüfusunu oluşturan halkın büyük çoğunluğu Yayoi kökenlidir.
Ülkenin ilk kurucu imparatoru, yarı mitolojik bir karakter olan Jimmu Tenno'dur. Jimmu'nun tahta oturduğuna inanılan MÖ 11 Şubat 660 tarihi, Japonya'nın millî kuruluş günü olarak kabul edilmektedir. Jimmu Tenno'nun kurduğu feodal sistem, MÖ 97 yılına kadar varlığını sürdürmüştür.
Japonya'nın eski Malayca adı olan Japang veya Japun, Çin'in güney kıyısındaki bir lehçesinden ödünç alınmış ve bu sözcük 16. yüzyılın başlarında Avrupa'ya getiren Güneydoğu Asya'daki Portekizli tüccarlar tarafından getirilmiştir.
Minamoto no Yoritomo (1192-1199), Kamakura Şogunluğu'nun ilk şogunu.
"Türk ve Japon halkları birbiriyle akraba iki halktır"
Öncelikle burada çok az bilinen ama bu alanda çalışan akademisyenlerin kabul ettiği bilimsel gerçeği hatırlatmak isterim; Türk ve Japon halklarının dillerinin aynı aileden, aynı dil kökünden gelmesi hasebiyle birbiriyle akraba iki halktır.
Çalışma, günümüz Japonya nüfusunun genetik kökenini kesin bir şekilde belirledi. Genlerin %13'ü Jōmonlardan, %16'sı Kuzeydoğu Asyalı toplumlardan, kalan %71'i ise Doğu Asya toplumlarından aktarılmış. Modern nüfustaki Doğu Asya genlerinin baskınlığı bir kez daha doğruluyor.
Japonya (Japonca: 日本 , Okunuşu: Nihon ya da Nippon, resmî adı Japonca: 日本国, Okunuşu: Nihon-koku ya da Nippon-koku) Doğu Asya'da bir ada ülkesidir.
İmparatorların tarihsel kökenleri, MS 3. ve 6. yüzyılların son Kofun dönemine uzansa da Kojiki ve Nihon Shoki eserlerinin geleneksel açıklamasına göre, Japonya'nın MÖ 660 yılında güneş tanrıçası Amaterasu'nun doğrudan soyundan geldiği söylenen İmparator Jimmu tarafından kurulduğu kabul edilmektedir.
Japonya'daki Türklerin çoğunluğu Ordu'nun Fatsa ilçesi kökenlidir.